Το Εθνικό Μουσείο του Τόκιο είναι το παλαιότερο και μεγαλύτερο εθνικό μουσείο στην Ιαπωνία. Ιδρύθηκε το 1872 και εγκαινιάστηκε με μια έκθεση στον κομφουκιανικό ναό Γιουσίμα Σέιντο. Στη σημερινή τοποθεσία του μέσα στο Πάρκο του Ουένο μεταφέρθηκε το 1882 και εγκαινιάστηκε στις 20 Μαρτίου του ίδιου χρόνου με την παρουσία του Αυτοκράτορα Μέιτζι. Oι πύλες του άνοιξαν για το κοινό την ίδια μέρα μετά την τελετή των εγκαινίων.
Το Μουσείο είναι ένα σύμπλεγμα από έξι ξεχωριστά κτήρια με κεντρικό το Honkan το οποίο φιλοξενεί την εκτενέστερη συλλογή ιαπωνικής τέχνης στον κόσμο με εκθέματα από το 10.000 π.Χ μέχρι τον 19ο αιώνα. Ανάμεσά τους είναι κεραμικά, αγάλματα, σπαθιά και πανοπλίες, κιμόνο και παραδοσιακές μάσκες, έργα ουκιγιόε κ.α. Το αρχικό κτήριο καταστράφηκε στο Μεγάλο Σεισμό του Κάντο το 1923 και ανακατασκευάστηκε τη δεκαετία του 1930 από τον αρχιτέκτονα Τζιν Ουατανάμπε.
Στα υπόλοιπα κτήρια υπάρχουν συλλογές από την Κίνα, Κορέα, κεντρική και νοτιοανατολική Ασία, την Αίγυπτο, συλλογές με θρησκευτικά εκθέματα από ιαπωνικούς ναούς, αρχαιολογικά ευρήματα κ.α. Το πιο σύγχρονο κτήριο είναι το Kuroda Memorial Hall με έργα του Κουρόντα Σέικι (1866-1924), του ζωγράφου που θεωρείται ο πατέρας της ιαπωνικής δυτικότροπης ζωγραφικής.
Ξεχωριστό ενδιαφέρον στο Εθνικό Μουσείο του Τόκιο παρουσιάζουν οι προσωρινές εκθέσεις με ευρεία και πολύ ενδιαφέρουσα θεματολογία. Σημαντικές εκθέσεις για την Ελλάδα που έχουν φιλοξενηθεί στις αίθουσές του είναι η μεγάλη έκθεση «Αλέξανδρος ο Μέγας: Πολιτιστικές επαφές Ανατολής- Δύσης, από την Ελλάδα στην Ιαπωνία» (2003) και η έκθεση «Ταξίδι στη Χώρα των Αθανάτων – 4000 χρόνια Ελληνικών Θησαυρών» (2016).
Το Hyokeikan είναι το παλαιότερο κτήριο του Εθνικού Μουσείου του Τόκιο. Εγκαινιάστηκε το 1909 για την επέτειο του γάμου του Αυτοκράτορα Τάισο και αποτελεί αντιπροσωπευτικό δείγμα της – επηρεασμένης από τη Δύση – αρχιτεκτονικής του τέλους της περιόδου Μέιτζι (αρχές του 20ού αιώνα). Σήμερα φιλοξενεί προσωρινές εκθέσεις και εκδηλώσεις.